避难京城
光绪二十三年（1897年）的一天，23岁的吴佩孚烟瘾大发，可“普通座”已无空位，吴佩孚与当地著名豪绅翁氏相商，想借用翁氏所包的“雅座”一角抽几口过过瘾。谁知未过成烟瘾，却被翁氏踢了一脚，赶出了房门。为出此口恶气，吴佩孚找到了当时蓬莱县城很有名气、由十个落第书生组成的“十虎”集团，求这些文痞、讼棍帮忙出气。不日“十虎”大闹翁府，遭到官府缉拿。为避此祸，吴佩孚连夜逃往北京，穷困潦倒。为了糊口，他只有凭自己念过四书五经的能耐，刻苦攻读“相命书”，为他人卜卦算命。无论是吴佩孚本人或是翁氏都没有想到，烟馆“雅间”的一脚会踹出日后的一个手握重兵，叱咤风云的大军阀。
谍战锋芒
光绪三十年（1904年）2月，日俄战争爆发，日俄战争前夕，由日军守田利远少佐带领渡海分别到旅顺、大连等地刺探俄军军事活动情报，尤其是俄国东方舰队的实力情况。在执行此次任务中，吴佩孚给日本人的印象是“温和良顺，举动不苟；交人圆和而不露圭角；任事处变而不急近功和不邀虚名；所自信以为是者，则行之以渐。”因此给他起了个绰号叫“总有法子先生”。吴佩孚出色的情报工作才能，深受守田的青睐。守田奖赏吴佩孚500大洋，并破例准假一周让吴佩孚骑着自己的坐骑回家探亲。
重情重义
吴佩孚孤标傲世，但他有一个特点，滴水之恩，当涌泉相报。他有个知己叫郭绪栋，他见到吴佩孚说：“人说秀才遇见兵，我是在兵里头遇了秀才，我还是不第秀才，好意思叫你做我的下人吗？”他又叹了口气，“枳棘非栖凤之地，我得替你想想出路。”吴佩孚得意之后没忘了郭绪栋，几次促其出山。郭绪栋提出衣锦还乡后，他却连连点头说：“这事好办。”没有几天，北京政府下文任命郭绪栋为山东盐运使，这可是个一等一的肥缺，但郭绪栋噘着嘴向吴佩孚道：“你自己高高在上，难道我就不够当一任省长？”郭绪栋又叹了一口气：“老弟你听我说，我不做省长则已，要做就得做山东省长，让我在家乡露露脸，死亦无憾。”吴佩孚倒抽一口凉气，这现任山东省长熊炳琦就是曹锟的参谋长，难道他的参谋长不配做省长，得改用我的秘书长去做？郭绪栋又补充道：“我不过随便说说，听不听由你。”但吴佩孚却将这事记在了心上，费时达六个月，软磨硬泡，终于将山东省长一职送给了郭绪栋。
结识曹锟
吴佩孚在以间谍身份出色完成了其一生当中的第一次重大军务后，被派到北洋陆军主力第三镇，从此与日后为民国八大总统之一的曹锟结下了不解之缘。1907年，曹锟成了第三镇的统制（师长）。一次吴佩孚随曹锟驻防吉林时，曹锟要用东北地图，整个第三镇只有吴佩孚有一张在日俄战争时期自己绘制的东北地图，由此曹锟对吴佩孚开始有所关注。次年吴佩孚调任炮兵第三标第一营管带。
袁世凯当上大总统不久，便开始紧锣密鼓地为复辟帝制进行准备，1915年护国运动的爆发。曹锟部被派往四川镇压蔡锷的护国军。此战吴佩孚不仅取得了泸州、纳溪的胜利，而且还第二次救了曹锟的性命。曹锟感激万分，誓与吴佩孚共进同退、不离不弃，并向袁世凯禀报了吴佩孚的功绩，吴佩孚被授予陆军中将。护国运动的风起云涌，使袁世凯遭遇称帝危机。
芝泉借才
吴佩孚与段祺瑞也有一段师生之谊，吴佩孚是从武备学堂出来的，段祺瑞是那所学堂的校长，但两人那时地位隔得太远，段祺瑞还没有注意到这位未来的常胜将军。吴佩孚引起段祺瑞注意，还是因为段祺瑞与郭绪栋有过一席交谈。段祺瑞找到曹锟，说是向曹锟要一样东西，“我不要你金银财宝，我只要你手下的一位小团长。”段祺瑞点明了来意。
没想到刚才说得好好的曹锟立刻翻脸，他问段祺瑞：“当年袁世凯向段大人要小徐子，你为什么不给？”段祺瑞打个哈哈，他知道曹锟贪财，因此预先声明，因为要举行秋操，他忙不过来，只是暂调吴佩孚，忙过这一阵子就归还，不用担心他抢人才。接着拿军火换吴佩孚，曹锟立刻动了心，他也变了口气：“说定了，那个姓吴的只是借用，到时得还给我的。”听说吴佩孚将要改换门庭，郭绪栋向段祺瑞进言，“吴子玉确是个人才，但他不适合你段大人，他在你这里要受委屈的。”
爱国气节
自“九一八事变”以来，日本为加快侵略中国的步伐，用尽一切办法收买汉奸为其服务。吴佩孚作为北洋军阀中继袁世凯、段祺瑞之后的中心人物自然成为日本特务的焦点。对日本的侵略罪恶，吴佩孚是深恶痛绝的。即便流落四川有东山再起之意时，日本特务头子荒木代表日本愿奉送“步枪十万支、机枪二千挺、大炮五百门，子弹若干，此外并助款百万”，但他拒而不受。
抗战爆发后，日军以吴佩孚名义在河南征召伪军。当得知南京大屠杀的消息后，为表示抗议，他整整绝食一天。国民党军炸开花园口黄河大堤，他为淹死很多日本人而喜，但又为无家可归的140万中国人而悲。日本特务头子土肥原、川本等采取拉拢、威逼各种手段都未能让吴佩孚放弃民族气节。
早年时期
同治十三年（1874年）4月22日，吴佩孚生于山东省蓬莱县。光绪五年（1879年）入私塾读书。次年被父亲送到私塾就读，置身喧闹中仍静心背诵功课，格外受先生器重。光绪九年（1883年）开篇做文章。光绪十二年（1886年）念完四书五经。光绪十六年（1890年）父亲因病去世，吴佩孚与母相依为命，家境渐寒，乃到蓬莱水师营当学兵。光绪十七年（1891年）春到登州府从宿儒李丕森学习，成绩平平。
光绪二十二年（1896年），吴佩孚高中登州府丙申科第三名秀才。光绪二十三年（1897年）秋，由于掀反鸦片台指责男女同台演戏，吴佩孚被革去秀才功名，避祸外逃，冬天到北京，以写春联、卜卦为生。光绪二十三年（1898年）春，吴佩孚得堂兄吴亮孚资助投天津武卫左军聂士诚部，在管带沈某处任戈什哈，受知于文案郭绪栋。光绪二十七年（1901年）2月，吴佩孚考入开平武备学堂步兵班。9月袁世凯任直隶总督兼北洋大臣，将开平武备学堂迁到保定，成立“北洋速成武备学堂”，吴佩孚放弃进学堂继续学习的机会，投天津陆军警察队任正目，旋升额外初等官。
光绪三十年（1904年）日俄战争期间，日本使馆副武官青木宣纯（曾任北洋军教官）与袁世凯面商日中联合组织情报机构和招募东北“马贼”等事宜，袁从北洋军中挑选数十名精干士官，与其组成了联合侦探队。这些北洋军官大多毕业于保定陆军速成学堂测绘科，故工作颇有成效，其中就有后来的直系军阀首领吴佩孚。吴佩孚原是北洋督练公所参谋处军官，参加日军的谍报活动后，几次进出东北，其间曾被俄军俘获，但拒不招供，被判死刑后跳车逃生，战后晋升上尉军衔，日军授勋以资表彰。光绪三十二年（1906年）投奔清军第三镇统制曹锟，以其才智和灵活，逐渐得到曹锟的赏识和重用，并开始了他的政治生涯。
军阀混战
民国元年（1912年）2月12日，清帝溥仪退位，29日，在袁世凯授意下，曹锟第三镇假造兵变，吓走四位迎接袁世凯南下的专使，吴佩孚随同行动。9月改任中央陆军第三师（曹锟）第六旅（张鸿逵）炮兵第三团团长，驻南苑。民国三年（1915年）12月12日，袁世凯称帝，21日，袁世凯下达“赐爵令”，曹锟被封为一等爵位。吴佩孚被曹锟提升为第六旅少将旅长。
民国七年（1918年）1月14日，吴佩孚向襄阳的黎天才靖国军进攻，24日黎天才、刘公战败自襄阳西走，25日吴佩孚进占襄阳，30日任第一路（总司令曹锟）前敌总司令，进攻湖南。2月6日，曹锟自天津南下在湖北孝感设南征大本营，在汉口刘园成立第一路军总司令部，命吴佩孚为第三师署理师长兼前敌总指挥，率军入湘作战。3月27日占领长沙。但北京政府却任命张敬尧为湖南督军兼署省长。而曹锟只获得一块“一等大绶宝光嘉禾章”，吴佩孚得了一块“二等大绶宝光嘉禾章”，以资鼓励。并有消息说段祺瑞拟以徐树铮代替曹锟为直隶督军。湖南的胜利没让吴佩孚当湖南督军，反而要把已得的地盘、职位让出来。曹锟为此极其不满，4月4日电辞两湖宣抚使，请假“养疴”。吴佩孚以饷械供应不及也按兵不动。为分化直系，6月3日，段祺瑞授吴佩孚“孚威将军”称号，以拆曹锟的台。此次曹锟虽然主战，但不愿亲自出马。北京政府在6月20日特派吴佩孚为援粤军副司令。8月7日，吴佩孚在曹锟支持下致电江苏督军李纯，痛斥“武力统一”，指责安福国会。21日又致电冯国璋，要他颁发罢战令。与他相配合，曹锟则接连不断地向北京政府催索欠饷。28日，段祺瑞召集主战派密议对付曹、吴办法，决定催派奉系、皖系的军队前进，维持张敬尧的湘督地位。之后，吴佩孚连发停战通电，博得一片赞扬声。为壮大反段声势，9月26日，发表由吴佩孚起草，有南北双方将领签名的通电，要冯国璋颁发停战命令。
民国八年（1919年）秋冬之际，在曹锟串联下，直系的河北、江苏、湖北、江西四督和奉系的东三省结成反皖同盟。12月28日冯国璋病死，曹锟成了直系首领。吴佩孚因打下的地盘被皖系张敬尧所夺，乃决定罢战主和，并与南军通款携手。是年11月28日，吴佩孚与陆荣廷、莫荣新、谭浩明、谭延闿等，在衡阳会议上组织所谓“救国同盟军”。民国九年（1920年）1月17日，吴佩孚以前方经济困穷，官兵思归为 由，要求撤防北归。以后又多次发电，措词也越来越激烈。段祺瑞为阻止吴佩孚军北撤，强行撤换河南督军赵倜，改派其妻弟吴光新。吴佩孚通电反对。他不管北京政府批准与否，在3月上旬派人将700余名直军家属送回北方，并电请张敬尧来接收直军防地。5月25日，吴佩孚率军全部北撤，31日到达汉口。6月7日，吴佩孚到达郑州，将部队主力布置在京汉铁路沿线。13日，吴佩孚又电反皖的八省督军，建议召开国民大会解决一切问题。奉军为策应直军，也将部队零星开进关内。
民国十年（1921年）4月14日，河南成慎、孙会友在彰德起事反对赵倜，吴佩孚本来支持倒赵，但赵倜勾结张作霖，张作霖迫曹锟，吴不得已出兵，18日平定了彰德之事。4月27日，曹锟、张作霖、吴佩孚等北洋将领联名通电反对广州选举总统。7月间，因湖北督军王占元只顾私囊，激起兵变，湖南、四川出兵征讨，29日湘鄂战事开始，湖北部队节节败退，王占元向吴佩孚请援，吴令第二十五师师长萧耀南为“援鄂总司令”，30日到达汉口，在刘家庙守侯不前，坐视王占元兵败。到民国十年（1921年）底，经过一年多的扩军练兵，吴佩孚已拥有十余万兵力。同年北洋军政府任命吴佩孚为两湖巡阅使，率大军南下平息两湖战争。此时吴佩孚的官职已与曹锟相当，势力日渐坐大。此间，直奉两派争夺中央政权、势力范围的斗争日趋激烈。直系军阀先占直鲁豫地区、夺取了江苏、陕西地盘，后吴佩孚又夺得两湖，直系显然占有了中国的半壁河山。直皖战争后张作霖在关外的势力得到迅猛的发展。
直系首领
民国十一年（1922年）1月2日，吴佩孚电北京索饷，梁士诒未能应。4月底至6月初第一次直奉战争爆发，48岁的吴佩孚任直军总司令，使张作霖12万人的奉军败北山海关外。赫赫武功让吴佩孚声名鹊起。这个有着“一嘴短短的红胡子，长脸高额，鼻相很好”的直系军阀被当成“中国最强者”。于民国十三年（1924年）9月8日成为首次亮相美国《时代》杂志周刊封面的中国人。是时，吴佩孚掌握着直系最多的兵力，拥兵数十万，虎踞洛阳，其势力影响着大半个中国。人们普遍看好吴佩孚的前途，上海英文杂志《密勒氏评论报》的主编、美国人约翰·鲍威尔甚至认为他“比其他任何人更有可能统一中国”。
民国十一年（1922年）10月10日晋授为陆军上将，16日吴佩孚电责王正廷迎合日意，接收鲁案延期。10月18日，徐树铮在福州通电依据其所着之“建国真诠”设官分职，并以制置府名义任王永泉为福建总抚，统辖军民两政，北洋军队征讨屡败，吴佩孚令孙传芳为“援闽军总司令”，配合其他部队击败徐树铮。11月18日，众议院议长吴景濂、副议长张伯烈私用众议院名义向黎元洪密告，财政总长罗文干订立《奥国借款展期合同》有纳贿情事，黎即手谕捕罗文干并转送地方检察厅拘押，20日吴佩孚电黎元洪，责逮捕罗文干之违法。11月23日，曹锟查知半年来内阁交通总长高恩洪拨交洛阳的军费超过保定的两倍有余，乃指使直系及其势力下的各省军阀、皖系军阀、洛阳系的一部分军阀，通电痛击财政总长罗文干丧权辱国、纳贿渎职，主彻底追究，借以打击吴佩孚，24日吴佩孚通电“对曹使始终服从，对元首始终拥护”，“对罗案不再置喙”，30日电曹锟声明与王宠惠、罗文干素昧平生。12月9日曹锟六十一岁寿辰（阴历），国会议员纷赴保定，吴佩孚未到，派萧耀南为代表，直系诸将已离心离德。12月27日日本参谋本部第二部长伊丹松雄到洛阳，愿助吴佩孚练兵，吴拒之。12月31日授为“孚威上将军”名号。
权势顶峰
民国十二年（1923年）1月8日，萧耀南、张福来、孙传芳等直系将领承吴佩孚之意，劝告曹锟暂勿作总统运动。1月31日，吴佩孚召京汉铁路工人代表自郑州到洛阳，声明禁止开会。2月7日在帝国主义支持下调集大量军警镇压京汉铁路工人于2月4日开始举行的大罢工，对罢工工人进行血腥屠杀，制造了震惊中外的著名“二七惨案”。惨案发生后，中国共产党立即发出《为吴佩孚惨杀京汉路工告工人阶级与国民书》，中国劳动组合书记部发表了《告全国工人书》、《警告国民书》，揭露吴佩孚“保护劳工”的假面具和屠杀工人的罪行，号召全国工人和民众联合起来，打倒军阀。全国铁路工会筹备会、青年团中央也发出了通电和宣言，谴责直系军阀吴佩孚在帝国主义支持下，对汉口江岸、郑州、长辛店及其他各站罢工工人进行血腥屠杀。
民国十二年（1924年），吴佩孚处于其一生之中的巅峰时期。9月8日，吴佩孚以“中国最强者”成为首次亮相美国《时代》杂志周刊封面的中国人。民国十四年（1925年）1月1日，吴佩孚抵汉口，吴佩孚不肯入租界，萧耀南不愿其留鄂，1月3日登“决川”舰赴黄州。民国十五年（1926年）3月11日，湖南唐生智驱逐赵恒惕，30日唐生智军已入岳州，叶开鑫退湖北境，吴佩孚派重兵警戒鄂南，4月19日吴佩孚委叶开鑫为讨贼联军湘军总司令，彭寿莘为湘鄂边防督办，由湘鄂边境向岳州进攻（张其锽、蒋方震劝吴勿对湘用兵，不听）。
民国十五年（1926年）6月28日，张作霖、吴佩孚在北京会晤，联合起来组建北京政府。直奉联合攻下北京南口后，吴佩孚向南进攻广东；张作霖向北进攻北方的国民军。双方企图南北齐下共分天下。7月1日，广东国民政府北伐。北伐军势如破竹，连连得胜。10月10日攻下武昌城。吴佩孚逃往河南信阳。1927年4月19日，武汉国民政府在武昌举行二次北伐。吴佩孚在国民军和北伐军的夹击下彻底失败，率残部逃往四川托庇于杨森。
下野之后
民国十七年（1928年）初，吴佩孚逃至云雾山笠竹寺。5月邓锡侯部下师长罗泽洲包围笠竹寺，吴佩孚残部被缴械；12月21日四川再次爆发内战，杨森、罗泽洲、李家钰、黄隐联合进攻刘湘，31日吴佩孚自四川绥定通电声明与川乱无关。后因蒋介石的追逼，1931年5月22日在刘湘“保护”下出四川，年底到北平。
民国二十一年（1932年）1月31日到北平定居，吴佩孚受到张学良的优待，以种花、养鸟、著作、研究佛学安度晚年，唯与曹锟交情淡薄，他倡办“救世新教会”，自任教统，江朝宗任副教统，暗地纠集北洋直系势力，乘时局动荡之际，借“抗日”为名妄图再起，此举受到蒋介石指责。民国二十二年（1933年）1月18日，上海各团体忠告段祺瑞、吴佩孚勿受日人利用，段祺瑞应蒋介石之请南下，吴佩孚仍滞留北平。民国二十三年（1934年）11月2日，吴佩孚和蒋介石在北平黄郛之宴会席上相遇。
民国二十四年（1935年）12月20日，日本侵略者为了分裂中国而搞“华北五省自治”，请吴佩孚上台当傀儡，冀察政务委员会聘吴佩孚为高等顾问。他坚决拒绝。民国二十八年（1939年）12月4日，他因吃饺子被骨屑伤了牙龈，入日本医院治疗。受日本特务土肥原贤二指使，日本牙医将其杀害。民国二十九年（1940年）1月21日，国民政府于吴佩孚移灵之日，举办了吴佩孚将军追悼大会，蒋介石亲临致祭并送挽联一副：“落日睹孤城，百折不回完壮志；大风思猛士，万方多难惜斯人。”民国三十五年（1946年）12月16日，国民政府为吴佩孚举行国葬，葬于北平玉泉山，由军事委员会北平行营主任李宗仁主祭，民国军政要员等近万人参加。