人际纠纷
英敛之与吕碧城相识后，因为欣赏其才华胆识，一度生出倾慕之心。英敛之的妻子淑仲以女性的直觉感到丈夫的热心有些过了头，暗自伤心悲痛，几欲离家避走。最后，英敛之“发乎情，止乎礼”，以君子之风控制住了自己的感情，只在事业上给予吕碧城以指引支持，不但对她力加拔擢，还将她引荐给当时的众多社会名流。1905年，英敛之收集吕碧城与其两位姐姐的诗作，编印成《吕氏三姊妹集》，并亲自为之作序，称三姊妹为“硕果晨星”式的人物，更赞誉吕碧城为“祥麟威凤”，其抱负志向连许多男子尚不逮。但随着时间的推移，英敛之和吕碧城之间的关系却慢慢地出现了不和谐的音调。
首先，虽然在反对外来侵略、争取民族独立自强、主张开启民智等方面，两人一拍即合，但在具体做法上，却又有着区别。英敛之本身是满族正红旗，妻子淑仲则是皇族，所以英敛之虽然主张变法维新，但是不赞成用暴力手段推翻清政府，他希望通过温和、渐进的改良方式，实行君主立宪，达到富国强民的目的。而吕碧城对清政府毫无好感，相反，却对激进的革命党人抱有深厚的理解和同情。1912年，溥仪退位，帝制瓦解，吕碧城欢喜于民国之建立，曾赋诗云：“莫问他乡与故乡，逢春佳兴总悠扬。金瓯永奠开新府，沧海横飞破大荒。雨足万花争蓓蕾，烟消一鹗自回翔。新诗满载东溟去，指点云帆当在望。”
其次，在对待袁世凯的态度上，两人也有很大的不同。英敛之受康、梁影响很深，与梁启超来往密切。戊戌变法失败后，英敛之也在清廷的缉拿名单上。他先后携妻儿避难于香港、越南，最后才落足天津。他在1899年8月发表于澳门《知新报》上的《党祸余言》中说，自己对变法失败“深感郁结，心不能已”，也因为如此，他对在戊戌政变中向荣禄告密的袁世凯可以说是深恶痛绝。1905年，《大公报》宣传抵制美货，激怒袁世凯，袁下令禁邮禁阅《大公报》。而英敛之亦利用手中的笔奋起反击，连发数文，反使报纸销量骤增。袁世凯转而采用拉拢的办法，均遭到英敛之拒绝。而吕碧城和袁世凯素无过节，相反，对于袁世凯的襄助女学之举，她颇有好感，对于袁的胆识才干，她也甚为欣赏，也因此与袁越走越近，直至出任袁的总统府秘书。
在个人层面上，吕碧城个性很强，遇事极有主见，随着交往日多，在各种事情上，难免与英敛之言语失和，甚至发生矛盾争执。由于英敛之对吕碧城恩情太深，所以这时吕碧城即使没有忘恩之心，在别人看来，也难免有负义之嫌。英敛之对她的态度也由最初的欣赏渐渐地变为不耐和反感，在日记中甚至斥之为“不通”、“虚骄刻薄，态极可鄙”。随后发生的另一件事，终于将两人本已不睦的关系推向了破裂。
吕碧城性喜奢华，打扮新潮，这些都为英敛之所不喜，并曾因此批评过她，吕碧城对此不以为意，依旧我行我素。1908年，《大公报》上刊载了一篇题为《师表有亏》的短文，批评几位教习打扮妖艳，不东不西，不中不外，招摇过市，有损于师德。当时的女教习并不多，打扮妖艳者更屈指可数，又兼英敛之之前曾经对自己的装扮有过微词，吕碧城读后觉得这是在刻意讥刺自己，于是在《津报》上发表文章，针锋相对地进行反击。英敛之在日记中记道：“碧城因《大公报》白话，登有劝女教习不当妖艳招摇一段，疑为讥彼。旋于《津报》登有驳文，强词夺理，极为可笑。数日后，彼来信，洋洋千言分辩，予乃答书，亦千余言。此后遂永不来馆。”
大公报创始人英敛之其间，尽管英、吕二人恢复了往来，互通书信，吕碧城还一度前往香山探望英敛之，但相比于当日津门初见时的言笑晏晏、相谈甚欢已经不可同日而语。
险遭被捕
吕碧城一直对感情抱着一种审慎的、若即若离的态度。虽然因为美丽聪慧，才华出众，少得大名，而又性情豪爽，喜交际，她身边一直不乏怜香惜玉的护花之人，这其中就包括袁世凯的次子袁克文。
当日秋瑾被俘，官府抄检她的住处时，发现了她与吕碧城来往的书信，又兼吕碧城曾经在秋瑾所办的女报上发表文章，于是欲派人抓捕吕碧城。严复曾说吕碧城“自秋瑾被害后，亦为惊弓之鸟矣”，吕碧城也说自己“几同遇难竟获幸免”。
吕碧城究竟是缘何得脱于难的。有一说是，官府抓捕吕碧城的知会公文恰巧落在了当时任清廷法务部员外郎的袁克文手上。袁克文读过吕碧城的文章，早已仰慕其才华，此番不忍心见其落难，于是立即将此事告诉了父亲袁世凯。袁世凯听后说道：“若有书信来往就是同党，那我岂不是也成了乱党？”吕碧城因此脱罪。
袁世凯就任中华民国大总统后，袁克文又向父亲建议，聘请吕碧城出任女官，可以自由出入新华宫。当时袁克文自己便住在中南海流水音，由此与吕碧城过从渐密。袁与友人在北海举行诗会，吕碧城也经常参加，与之诗词唱和，结伴出游。樊增山曾有诗赞吕碧城曰：“天然眉目含英气，到处湖山养性灵。”袁克文也知吕碧城不是凡俗女子，因此对她敬爱有加。时任总统府外交肃政史的费树蔚与袁克文、吕碧城皆为好友，后来费树蔚在为吕碧城《信芳集》所作的序中云“予识吕碧城垂二十年，爱之重之，非徒以其文采票姚也。其人自守洁，见地超于人，忠恕绝去拘阏，而不为诞曼”。一次他试探吕碧城是否属意于袁克文，吕碧城笑而不答，后再提及，吕碧城答曰：“袁属公子哥，只许在欢场中偎红依翠耳。”
1915年春，吕碧城登长城，写下了一阕《浪淘沙》，不久，吕碧城抽身远走上海。
绝情独身
关于吕碧城一生未嫁一事，各种说法都有。那时，各种聚会上常常会出现吕碧城的丽影芳踪，当时各界名流也纷纷追捧吕碧城，与她交往的社会名士中，不乏才子和高官，如著名诗人樊增祥、易实甫，袁世凯之子袁寒云、李鸿章之子李经羲等，但她在婚姻一事上，看透世态炎凉，再加上她自恃清高，始终觉得身边无可匹配之人，所以宁愿独身终老。对这些名士的态度总是“这个不行，那个也不合适”。在她看来“生平可称许之男子不多，梁任公即梁启超。早有妻室，汪季新即汪精卫。年岁较轻，汪荣宝汪荣宝，曾任民政部右参议、国会众议院议员，驻比利时、驻日公使等职，擅书法，工诗文。尚不错，亦已有偶。张蔷公曾为诸贞壮作伐，贞壮诗固佳，耐年届不惑须发皆白何！” 吕碧城曾说：“我之目的不在资产及门第，而在于文学上之地位。因此难得相当伴侣，东不成，西不合，有失机缘。幸而手边略有积蓄，不愁衣食，只有以文学自娱耳！”
吕碧城是少年抱得大名的人，时人对她的文学才华评价非常高，高到什么地步，说是可以和李清照相比，所以她自小心气就高，更不肯屈就自己。于是，吕碧城虽姿容优雅，终身未婚。
现代作家止庵认为，吕碧城为什么未嫁，关键点在于经济权，她在袁世凯称帝之前辞职到上海做生意，在那两年里跟外商合作挣了好多钱，生活非常奢华。“有才，有名，有财，事业上又有很大的成就，这女人就没有当时女性结婚的理由——找个男人养着，她没有结婚的实际需要。”
女权高唱
从1912年民国初期拼命追求女子参政权，到1919年主动放弃参政权而自我局限于所谓生计权和自立权，中国社会的女权事业并不是进步，反而是在明显倒退。这一点在沈佩贞就读北洋女子师范学校时期的师长吕碧城的《女界近况杂谈》中，另有表述：“夫中国之大患在全体民智之不开，实业之不振，不患发号施令、玩弄政权之乏人。⋯⋯女界且从而参加之，愈益光怪陆离之至。近年女子参政运动屡以相胁，予不敢附和者，职是故也。”
1903年，吕碧城任《大公报》第一个女编辑，成为中国史上第一位女编辑，中国史上第一位女性撰稿人，开创中国新闻界先河。
1904年9月，吕碧城任北洋女子公学（北洋女子师范学堂）总教习；两年后，任监督（相当于现代的“校长”），成为中国史上女性任此高级职务的第一人，开创近代教育史上女子执掌校政先例。
在任《大公报》主笔期间，发表了大量尊重女权、倡导妇女解放的诗词杂文，是中国女权运动的首倡者之一。
吕碧城把中国的传统学问与西方的自然科学知识结合起来，使北洋女子公学成为中国现代女性文明的发源地之一。直到北洋女子公学的成立，中国才有了真正意义上的公立女子学校，并培养了大量女权革命家。
1912年3月，吕碧城受聘担任总统府机要秘书，成为中国史上女子任此高职的第一人。
1928年，吕碧城参加世界动物保护委员会，决计创办中国保护动物会，成为中国史上第一位动物保护主义者。
青春岁月
吕碧城，一名兰清（一说原名吕贤锡），字遁夫，号明因，后改为圣因，晚年号宝莲居士。生于清光绪九年（1883年），安徽旌德书香门第。吕碧城年幼一番坎坷：少年失怙，家产被夺，夫家退婚，寄人篱下，母妹服毒。吕碧城9岁议婚于同邑汪氏，10岁订婚，1895年吕碧城12岁（一说13岁）时，吕父光绪进士吕凤歧去世，吕碧城的母亲从京城回乡处理祖产，由于吕家一门生四女，并无男子，族人便以其无后继承财产为名，巧取豪夺，霸占吕家财产，唆使匪徒将母亲劫持。吕碧城在京城听到了消息，四处告援，给父亲的朋友、学生写信求助，几番波折，事情终于获得圆满解决。
此事却也让与吕碧城有婚约的汪家起了戒心，认为小小年纪的吕碧城，竟能呼风唤雨，于是提出了退婚要求，吕家孤女寡母不愿争执，答应了下来，双方协议解除了婚约。然而在当时女子被退婚，是奇耻大辱，对其今后对婚姻的心态产生了一定影响。
家庭破落，婚约解除后，她不得不随同母亲远走娘家，吕碧城的母亲带着四个尚未成人的女儿投奔在塘沽任盐运使的舅父严凤笙。
自1860年天津开埠，设立九国租界，西学东渐，自然科学和实用技术为核心的西方教育模式，潜移默化地传入天津；1900年义和团运动后，清政府力行新政，教育上提出“兴学育才实为当务之急”的主张，通令各省大力举办新式学堂。随着西方民主思想的输入，中国女性开始觉醒，“张女权，兴女学”，争取男女平等权利和女子受教育权利，为当时妇女解放运动的潮流。1903年，直隶总督袁世凯急招天津早期的教育家傅增湘担纲兴办天津女子学堂。年轻的吕碧城当时深受这股风潮的影响，遂有了奔赴女学的念头。
在此期间，吕家又发生了一件不幸的大事。在吕碧城和大姐、二姐先后走出家门之后，来安只剩下母亲严氏和最小的妹妹吕坤秀两个人。有亲戚对她们就食于娘家感到不满，1902年，竟唆使匪徒将二人劫持，为免受辱，母女二人只好服下毒药。在大姐吕惠如的请求下，时任江宁布政使的樊增祥星夜飞檄邻省，隔江遣兵营救。幸亏救兵赶到得及时，才将母女二人救活。这在吕碧城的心灵上又留下一道深刻的伤痕。
1903年，吕碧城想去天津城内探访女子学校，被保守舅父严辞骂阻，说她不守本分，要她恪守妇道，年轻气盛的吕碧城，一怒之下，下定了不再委曲求全、苟且度日的决心，第二天就逃出了家门，只身“逃登火车”，奔赴天津。不但没有旅费，就连行装也没来得及收拾。一个富家女子独自出门，这在当时也算得上是惊世骇俗之举。而此次出走，正是吕碧城登上文坛的开始，也是她与各界名人交往的开始。
提倡女权
身仅分文、举目无亲的吕碧城，在赴津的列车中，幸遇好心人佛照楼的老板娘，将其带回家中安顿下来。当得知舅父署中方秘书的夫人住在《大公报》社，吕碧城便给方太太写了封长信求助。此信巧被《大公报》总经理英敛之所见，英敛之一看信，为吕碧城的文采连连称许。不仅如此，英敛之亲自前往拜访，问明情由，对吕的胆识甚是赞赏，邀吕到报馆内居住，受聘为《大公报》第一名女编辑。
吕碧城到《大公报》仅仅数月，在报端屡屡发表诗词作品，格律谨严，颇受诗词界前辈的赞许。她又连续撰写鼓吹女子解放与宣传女子教育的文章，如《论提倡女学之宗旨》、《敬告中国女同胞》、《兴女权贵有坚忍之志》等，在这些文章中，吕碧城指出，“民者，国之本也；女者，家之本也。凡人娶妇以成家，即积家以成国”，“有贤女而后有贤母，有贤母而后有贤子，古之魁儒俊彦受赐于母教”，“儿童教育之入手，必以母教为根基”，“中国自嬴秦立专制之政，行愚民黔首之术，但以民为供其奴隶之用，孰知竟造成萎靡不振之国，转而受异族之压制，且至国事岌岌存亡莫保……而男之于女也，复行专制之权、愚弱之术，但以女为供其玩弄之具，其家道之不克振兴也可知矣。夫君之于民、男之于女，有如辅车唇齿之相依。君之愚弱其民，即以自弱其国也。男之愚弱其女，即以自弱其家也”。同时吕碧城还指出，维护旧礼法之人闻听兴女学、倡女权、破夫纲之说，即视为洪水猛兽，其实是为误解，“殊不知女权之兴，归宿爱国，非释放于礼法之范围，实欲释放其幽囚束缚之虐奴；且非欲其势力胜过男子，实欲使平等自由，得与男子同趋文明教化之途；同习有用之学，同具刚毅之气……合完全之人，以成完全之家，合完全之家以成完全之国”。提倡女子教育，就是要通过新文化和新文明的洗礼，使旧礼教桎梏下的女子成为“对于国不失为完全之国民”、“对于家不失为完全之个人”的新女性，最终“使四百兆人合为一大群，合力以争于列强”。
吕碧城的这些观点在社会上一石激起千层浪，引起了强烈的社会反响，成为人们街头巷尾热议的话题。她在诗文中流露的刚直率真的性情以及横刀立马的气概，深为时人尤其新女性们所向往和倾慕。一时间，出现了“绛帷独拥人争羡，到处咸推吕碧城”的盛况。从此，吕碧城在文坛上声名鹊起，走上了独立自主的人生之路。
1904年到1908年，吕碧城借助《大公报》这一阵地，积极地为她的兴女权、倡导妇女解放而发表大量的文章和诗词，她结识了大批当时的妇女解放运动领袖人物，与秋瑾尤其交好。
1904年5月，秋瑾从北京来到天津，慕名拜访吕碧城。两人此番相会不足四天，情同姊妹，订为文字之交。两位新女性间的一段因缘佳话，成就了一段“双侠”的传奇。
吕碧城连续发表的鼓吹女子解放的文章，震动了京津，袁世凯之子袁克文、李鸿章之侄李经义等人纷纷投诗迎合，推崇备至，一时间，京津文坛，形成了众星捧月的局面。她以女儿之身，大方地与男人们交游，唱和诗词，赏玩琴棋，自由出入自古男性主宰的社交场所，谈笑风生，成为清末社会的一道奇谈。
建设女学
除了在《大公报》积极宣扬女权，作妇女解放思想的先行者，在办女学的实践上，吕碧城积极筹办北洋女子公学。吕碧城发表多篇言论以作舆论宣传，宣扬兴办女学的必要性和重要性。她把兴女学提到关系国家兴亡的高度，以此冲击积淀千年的“三从四德”、“女戒女训”、“女子无才便是德”的陈腐观念。反过来说，女权运动的兴起，恰恰证明了社会上男女观念的不平等，“欲使平等自由，得与男子同趋于文明教化之途，同习有用之学，同具强毅之气。”吕碧城认为办女学开女智、兴女权才是国家自强之道的根本。
为了实践自己的理论，吕碧城积极筹办女学，崭露头角的吕碧城活跃于天津的知识阶层，结识了严修、傅增湘、卢木斋、林墨青等津门名流，以求支持和帮助。傅增湘很欣赏吕碧城的才华，想要她负责女子学堂的教学。于是，英敛之带着吕碧城遍访杨士骧、唐绍仪、林墨青、方若、梁士诒、卢木斋等在津的社会名流，着手筹资、选址、建校等工作。在天津道尹唐绍仪等官吏的拨款赞助下，1904年9月，“北洋女子公学”成立，11月7日，天津公立女学堂在天津河北二马路正式开学。《大公报》次日报道：“昨日午后二点钟，由总教习吕碧城女师率同学生30人，行谒孔子礼。观礼女宾日本驻津总领事官伊集院夫人……男宾20余位。诸生即于是日上学。”吕碧城担任总教习，负责全校事务，兼任国文教习。按照英敛之、吕碧城等人的意见，学校定名为“北洋女子公学”。在傅增湘的“学术兼顾新旧，分为文理两科，训练要求严格”的办学方针的指导下，1906年春天，北洋女子公学增设师范科，学校名称遂改为北洋女子师范学堂，租赁天津河北三马路的民宅作为校舍，第一期只招学生46人，后又在津、沪等地招生67人，学制一年半，称为简易科。
北洋女子师范学堂针对中国女性数千年来身体被摧残、心灵被桎梏、智识不开明的状况，吕碧城在学校的教育和管理上，提出了让学生在“德、智、体”三方面全面发展的方针。“德”在首，是因为无道德，徒具知识，只能“济其恶，败其德”；但同时又必须重智识教育，因为智识不开，则事理不明，道德也就无从谈起；重视“体育”，是为了让学生在拥有健康人格的同时，也能拥有健康的身体。对于“德”的认识，吕碧城也别具一格：“世每别之曰女德，推其意义，盖视女子为男子之附庸物，其教育之道，只求男子之便利为目的，而不知一世之中，夫夫妇妇自应各尽其道，无所谓男德女德也。”
尽管上海的经正女学堂创办于1898年，但究其性质而言，不过是家塾式的私立女学堂。直到北洋女子公学的成立，中国才有了真正意义上的公立女子学校。但实际上，该校仍然是一所贵族女子学校，就学的大多是官宦、富商人家的闺秀。这其中的主要原因，正如吕碧城所说，是因为大部分人家“仍守旧习，观望不前”，即使有人愿意让自己的女儿上学，也是“各于家塾自相教学焉”。如此一来，随着官员的来往调任，学生经常中途离去，所以，尽管上学的学生不在少数，但能够真正完成学业的就寥寥无几了。
吕碧城执掌女子学校总教习一事，在社会上曾轰动一时。1909年，陈庚白（后为南社著名诗人）13岁，就读于天津客籍学堂，仰慕吕碧城的大名，曾暗中前往女子学堂窥伺其风采。后来任总统府秘书的沈祖宪，曾称吕碧城为“北洋女学界的哥伦布”，赞赏其“功绩名誉，百口皆碑”。
秋瑾也曾经用过“碧城”这一号，京中人士都以为吕碧城的诗文都是出自秋瑾之手，两人相见之后，秋瑾“慨然取消其号”，原因是吕碧城已经名声大著，“碧城”一号从此应当为吕碧城专用。
交谈中，秋瑾劝吕碧城跟她一起去日本从事革命运动，而吕碧城“持世界之人，同情于政体改革”，愿意继续留在国内办报，以“文字之役”，与秋瑾遥相呼应。此后不久吕碧城在《大公报》上发表的《兴女权贵有坚韧之志》、《教育为立国之本》两篇文章，都在不同程度上表现出秋瑾的影响。1907年春，秋瑾主编的《中国女报》在上海创刊，其发刊词即出于吕碧城之手。
1907年7月15日，秋瑾在绍兴遇难，无人敢为其收尸，中国报馆“皆失声”，吕碧城设法与人将其遗体偷出掩埋，又在灵前祭奠。她后来南游杭州，又拜谒了秋瑾墓，不禁感慨万端，作一首《西泠过秋女侠祠次寒山韵》，追怀这位志同道合的挚友。之后，吕碧城用英文写了《革命女侠秋瑾传》，发表在美国纽约、芝加哥等地的报纸上，引起颇大反响，也使自己陷于险境。吕碧城与秋瑾的交往也引起了官方注意，以致直隶总督袁世凯一度起了逮捕吕碧城的念头。介于找不到更多的借口，才没有实行。
1908年，北洋女子师范学堂又招完全科，学制四年。同年夏，北洋客籍学堂停办，遂将其地纬路新址让与北洋女子师范学堂，该学堂渐具规模。由傅增湘提名，吕碧城出任该校监督（即校长），为历史上中国女性任此高级职务的第一人。
吕碧城在这所当代女子的最高学府，从教习提任到学校的监督，待了七、八年。她希望培养的学生将来也致力于教育和培养下一代，“为一个文明社会的将来尽各自的力量”。她把中国的传统学问与西方的自然科学知识结合起来，使北洋女子公学成为中国现代女性文明的发源地之一。她希望她所培养的学生将来也能致力于教育和培养下一代，为一个文明社会的到来尽各自的力量。在此学习的许多学生后来都成为中国杰出的女权革命家、教育家、艺术家，如刘清扬、许广平、郭隆真、周道如等，她们都曾听过吕碧城授课。周恩来的夫人邓颖超曾经在这里亲聆吕碧城授课。
1912年中华民国成立后，北洋女子公学停办，后改为河北女子师范学校，吕碧城离职，她移居上海游世界。
晚年游历
吕碧城认为在这竞争的世界，中国要想成为一个强国就必须四万万人合力，因此不能忽视二万万女子的力量。解放妇女，男女平权是国之强盛的唯一办法。她希望用自己的力量影响世人，济世救民。1912年，袁世凯在京登上民国总统宝座，吕碧城凭借与袁世凯的旧交，出任总统府机要秘书，后又担任参政一职。她雌心勃勃，欲一展抱负，但黑暗的官场让她觉得心灰意冷，等到1915年袁世凯蓄谋称帝野心昭昭时，吕碧城毅然辞官离京，移居上海。她与外商合办贸易，两三年间，就积聚起可观财富，在上海静安寺路自建洋房别墅，其住宅之豪华，生活之奢侈，为沪上人士所艳羡生妒。可见同时也有非凡的经济头脑。
1918年吕碧城前往美国就读哥伦比亚大学，攻读文学与美术，兼为上海《时报》特约记者，将她看到的美国之种种情形发回中国，让中国人与她一起看世界。四年后学成归国，1926年，吕碧城再度只身出国，漫游欧美，此次走的时间更长，达7年之久。她将自己的见闻写成《欧美漫游录》（又名《鸿雪因缘》），先后连载于北京《顺天时报》和上海《半月》杂志。吕碧城两度周游世界，写了大量描述西方风土人情的诗词，脍炙人口，传诵一时。她尤擅填词，吟咏自如，被誉为“近三百年来最后一位女词人”。传世著作有《吕碧城集》、《信芳集》、《晓珠词》、《雪绘词》、《香光小录》等。
1928年，她参加了世界动物保护委员会，决计创办中国保护动物会，并在日内瓦断荤。1929年5月，她接受国际保护动物会的邀请赴维也纳参加大会，并盛装登台作了演讲，与会代表惊叹不已。在游历的过程中，她不管走到哪里，都特别注重自己的外表和言行，她认为自己在代表中国二万万女同胞，她要让世人领略中国女性的风采。此后，她周游列国，宣讲动物保护的理念，成为这一组织中最出色的宣传员。
1930年吕碧城正式皈依三宝，成为在家居士，法名“曼智”。
1943年1月24日在香港九龙孤独辞世，享年61岁。遗命不留尸骨，火化成灰后将骨灰和面为丸，投于南中国海。