六个第一
郑樵开创了中国历史上的六个第一：①第一个想建设科学；②第一个以山林穷儒身份依靠自己成为名垂千古的伟大史学家；③第一个提倡知识分子要向劳动人民学习；④第一个发出“《诗》、《书》为可信，但不必字字都信"的破除迷信、解放思想号召；⑤第一个强调学习自然科学知识与学习儒家经典一样重要；⑥第一个倡议建立翻译学，吸收外来先进文化和传播中华文明。
目录学
郑樵喜游览名山大川，搜奇访古，遇藏书家，必读尽所藏。于礼乐、文字、天文、地理、虫鱼、草木、方术之学，皆有论述。在史学上，推崇司马迁、刘知几。他认为史学应该广博会通，故尊通史而抑断代，称司马迁而贬班固。著述繁富，《通志》200卷是他的代表作。其中二十略最为学术界所推重。二十略中的《艺文略》、《校雠略》、《图谱略》、《金石略》是他研究目录学理论和实践的总结，而以《校雠略》影响最大，是我国古典目录学理论著作之一。
它评述了历代各家目录，总结了自刘向、刘歆以后1000余年目录工作实践，提出了不同于前人的学术观点。在目录的著录方法和范围上，指出不能“只记其有，不记其无”，应将书、图兼书，通录古今，不应遗漏亡佚之书，以便于辨章学术，考镜源流。在图书分类理论上提出“类书犹持军也，若有条理，虽多而治；若无条理，虽寡而纷”，“若无部伍之法，何以得书之纪”，“书籍之亡者，由类例之法不分”。
在解题和编目上，认为“书应有释者，有不应释者，不可执一概之论”，即使对应释之书，也不能泛泛而谈，提出了“泛释无义”的原则。要求编次目录要著录全面，一书中如有多种学科，应分别标出名目，编次应分先后，他从理论的高度阐明了类例可以剖析学术源流的思想。他的目录学思想对我国目录学发展有重大影响。清目录学家章学诚据其精要，著《校雠通义》，把古典目录学研究推向高潮。
访书方法
对采访购求图书颇有心得，郑樵总结出访求图书有八法：一是即类以求，二是旁类以求，三是因地以求，四是因家以求，五是求之公，六是求之私，七是因人求，八是因代以求，世称“求书八法”。
动植物学
在总结前人经验的基础上，提出了一套研究动植物学的科学方法：
①重视动植物的释名和识名；②主张深入实地观察和采访；③主张书本理论与田野实践相结合；④明确图谱对动植物研究的重要作用；⑤重视前人经验，但不盲从。
由上可见郑樵研究动植物学的方法已接近于现代研究动植物的科学方法。《通志》中的《昆虫草木略》是中国古代一篇专门论述植物和动物的重要文献
少年向学
郑樵父亲等先辈都是读书和做过小官的，因此郑樵从小就受到了良好的家庭教育与文化熏陶。他也曾自述：“幼不学犁锄，慨然有读书志，胸中便以古人自期。每于史册见一传而高风凛凛者，必读之再三，通即掩卷长思，跻仰其为人，扦搏气概以从之游，若骤若驰，及之而后已。”而且，他还下定决心继承家风，把自己培养成为才华出众的人。
宣和元年（1119年），郑樵的父亲郑国器从太学回家后病死于苏州，郑樵冒暑赶往苏州，徒步扶柩而归。自此之后，郑樵一直过着清贫的生活。为了克服家贫无书读的困难，他就和从兄郑厚一起背上包袱，向四方藏书人家求借书读，并立下毕生读书治学的远大抱负。
郑樵在求学时，不仅仅是学习书本上的知识，而且把眼光开放到自然界各种动植物。他经常深入山间田野，拜农夫为师，从而得到了许多实际学问。还研究天地间的各种科学知识，并勇敢地向社会提出了学习自然科学知识与学习儒家经典知识一样重要的号召。
立志著书
靖康元年（1126年），北宋受到金兵侵犯，国家处于空前的危难，郑樵和郑厚联名上书，陈述二人的抗金志向和报国才能，并自信一旦得到朝廷起用，就能使国家转危为安，由于种种原因而未得偿所愿。尽管如此，郑樵的抗金爱国思想，一直贯穿到他生命的最后一刻。
绍兴元年（1131年），由于宋高宗畏敌如虎，南宋的半壁江山依然处在动荡不安之中。这时，其兄郑厚在悲观失望中下山参加科举，继之走上了坎坷的仕途。而郑樵则认为如此昏暗不明的仕途，会埋没自己的读书志向，因此他不愿下山应试。由于北方金兵在攻破北宋京都时抢走了宋朝廷的三馆四库图书，所以郑樵决心以布衣学者的身份，在夹漈山为南宋朝廷著一部集天下书为一大书。
为了得到著《通志》所需学问，郑樵再次背起包袱，独自一个前往东南各地求借书读。经过三年的努力，郑樵读遍东南各地藏书。当时有人称颂他说"惟有莆阳郑夹漈，读尽天下八分书"。之后，郑樵就把书房搬到了夹漈山中的芗林寺，开始了他漫长的修史著书生涯。为了求得朝廷的支持，他著出了一部又一部的新书，并把这些新书寄给朝廷礼部。
绍兴八年（1138年），郑樵在《上方礼部书》中，明确地向朝廷提出了自己著《通志》的愿望。这时，郑樵的渊博学问和远大抱负得到抗金派宰相赵鼎、张浚等人的重视。但由于宋高宗重用投降派首领秦桧为宰相，赵鼎等人很快被秦桧排斥出朝廷，并被严加迫害。从此至绍兴二十五年（1155年）。秦桧不但不支持郑樵著《通志》，反而接连三次下禁令严禁私人修史和著述，违者以"擅修国史"罪论处。
遭受打击
绍兴十八年（1148年），郑樵遭受一个又一个厄运的打击，先是胞弟郑槱不幸早亡，继而幼子郑惕和妻子陈氏相继死去，就在郑樵沉浸在巨大的精神打击时，秦桧又下了一道严禁私人修史和著述的禁令。这道禁令终于激怒了郑樵，于是他在这一年的冬天，毅然背起又著成的140卷新书，徒步走到南宋京都杭州，他要直接把新书献给皇帝，请求皇帝准许他继续著述。然而，由于秦桧的阻挠，尽管郑樵在杭州苦苦等待了一年时间，依然见不到皇帝，也得不到朝廷准许他续著的公文。郑樵见自己著《通志》的路已被朝廷当权者堵死，悲愤不已，但也无可奈何。为了能把自己平生研究的学问传给后人，郑樵在回归山林之日起，就把书房搬迁到远离人烟的夹漈山主峰侧的高山虚谷中，并在夹漈草堂开始著述一部远避宋朝国史三百年的史学巨著《通志》。他要把自己心中的全部愤懑，倾注于《通志》之中。
首次献书
绍兴十九年（1149年），他献出所著的一百四十卷书“诏藏秘府”。从16岁结庐茅山中，到出山献书，计三十余年。其间“十年为经旨之学”，著有《书考》、《诗辨妄》、《春秋考》等，其中《诗辨妄》在诗学界的影响很大，连朱熹也不得不佩服其见识之高明。“三年为礼乐之学”，写出了具有重要学术影响的著作《谥法》、《系声乐府》等。“三年为文字之学”，如《象类书》、《续汗简》、《梵书编》等著述在中国文字学、音韵学史上都占据着重要的位置。“五六为天文地理之学，为虫鱼草木之学，为方书之学”。写出了一批很有分量的著作，如《天文书》、《春秋地名》、《尔雅注》、《诗名物志》、《本草成书》等。“八九年为讨论之学，为图谱之学，为亡书之学”。写出了《求书阙记》、《校仇备略》、《书目正讹》、《图书志》、《集古系地录》等在中国图书目录、校雠学发展史上具有相当影响的作品。
1152年，新任同安主簿朱熹上山拜见郑樵，郑樵仅用“豆腐、白盐、白姜、荞头”相待，两人谈诗论文三天三夜；下山时，朱熹的书童对此颇有微词，朱熹却说：“此‘四白’乃山珍海味齐全也。”
二次献书
1157年，郑樵初步写出了长达200卷、600多万字的史学巨著《通志》初稿。就在他为无钱买文房四宝抄正《通志》成书而发愁时，所幸有抗金派官员王纶、贺允中、汪应辰等人举荐，郑樵才得以入京受到宋高宗的召对。在召对时，郑樵见皇帝也欣赏自己的学术，就当场提出要求皇帝允许他归山著述《通志》，以便早日把《通志》献给朝廷。由于高宗不能体会郑樵的一番苦心，硬是把他留在朝廷担任一个管理文书档案的小官。
就在这时，由于郑樵的学术批判和科学精神，得罪了朝中的许多学士大夫，因此他们不愿意看到山林穷儒出身的郑樵也在朝中为官，于是当即有御史叶义问出面以莫须有的罪名弹劾郑樵，昏庸的宋高宗不分青红皂白，竟批准了叶义问的弹劾，让郑樵以监潭州南岳庙的祠官回夹漈山抄正《通志》。
绍兴二十八年（1158年），55岁的郑樵应高宗召对。明代周华《福建兴化县志》（《游洋志》）详实记述了高宗与郑樵的一段对话。郑樵上殿向皇帝奏说：“臣处山林30多年，写书共50种。未完成的这部史书以历代史籍为依据，始自三皇，终止五代，取名《通志》。此书参考司马迁的体例，但与《史记》又有不同之处。臣摘取纲目十二篇，名叫《修史大例》，先呈给陛下。”接着，郑樵陈述了对《史记》和《资治通鉴》的看法，并谈到自己写史是参照前人的史体，同时又有创新的地方。高宗不胜钦佩地说：“朕听到你的大名久了，古学，自成一家，何其相见之晚呢？”郑樵请求回归山林，说：“臣是麋鹿之性，草茅小民，终爱山林，还请陛下体谅。”高宗下旨，授郑樵为右迪功郎、礼兵部架阁文字，后改监潭州南岳庙，让他回家继续把《通志》写完。
三次献书
郑樵第三次献书是绍兴三十一年（1161年），郑樵带着200卷、近七百万字的《通志》，步行两千里来到临安，进《上殿通志表》。时适“高宗幸建康（今南京）”，无缘得见，经辗转传递，得一道诏书，升他为“枢密院编修”，兼权“检详诸房文字。最使他高兴的是朝廷居然允许他入“秘书省翻阅书籍”。郑樵满以为可以实现渴望已久的夙愿，幻想着要博览秘府宝卷，计划借此机会整理一番古往今来的天下图书，然而遗憾的是官场黑暗，希望成了泡影。
次年（1162年）春天，宋高宗自建康回临安，记起郑樵献书之事，于是命郑樵呈献《通志》，就在高宗诏旨下达的当天，郑樵由于积劳成疾与世长辞，时年59岁。“海内之士知与不知，皆为痛惜。太学生三百人为文以祭”。