二十三年，授礼部侍郎，督安徽学政，调吏部，又调仓场。二十八年，命偕定郡王载铨筹办长芦盐务，清查天津仓库，疏陈：“芦盐积累，各商惮於承运，悬岸至四十馀处。请将河南二十四州县仿淮南例改票盐，先课后引。直隶二十四州县限半年招商招贩，无商贩即责成州县领运，或由盐政遴员官运。支销浮费及官役陋规，永远裁汰。每年应完帑利，滩及通纲额引，与正课一律徵收。其协济补欠充公等项加价名目，概行革除。并於各引盐加斤免课，每斤准其减价敌私。”诏依议行。
二十九年，偕大学士耆英赴浙江阅兵，并清查仓库，筹办盐务。途经东河、南河，查询节浮费、裁冗员事宜，奏减东河正款二十万两，裁泉河通判、归河通判，南河每年用款以三百万两为率，减省五六十万两，并扬运通判於江防厅，改为江运同知，裁丹阳县丞、灵壁主簿、吕梁洪巡检，从之。耆英病留清江浦，芝昌独赴浙江，疏陈变通盐务章程七事：杭、嘉、绍三所引盐，分别加斤，止令完交正课；松所引盐，酌裁科则；虚悬口岸，选商接办，并筹款收盐；缉私责成官商，由运司审覈；缉获私盐，分别充赏，及补课作正配销；禁革引地陋规；覈裁巡验浮费。寻查州县仓库，统计实亏之数，多至三百九十馀万，请将亏数最多之员，革职，勒追；不足，则由原任上司按成分赔，或由本省各官分成提补；其有欠在胥吏者，尤严补追，毋任幸免：并从之。授山西巡抚，未一月，召署吏部侍郎，命在军机大臣上行走。寻授户部侍郎。三十年，擢左都御史。
咸丰元年，出为闽浙总督。艇匪在浙洋劫掠山东兵船，被剿遁闽洋，遣水师截击，贼众畏罪投诚，分别安置。二年，兼署福州将军。疏请停罢捐纳举人、附生之例；又奏禁盐商代销官运，以杜取巧：并从之。寻以疾乞休。
芝昌以文字受宣宗特达之知，尝曰：“汝为文，行所无事，譬之於射，五矢无一失。”及查办长芦、两浙盐务称旨，遂骤进膺枢务。甫数月，宣宗崩，文宗犹欲用之，畀以外任。未一岁，谢职归。久之，卒於家，未予恤典。光绪初，署闽浙总督文煜奏陈政绩，追谥文敏。子念诒，道光三十年进士，官编修。孙邦桢，同治十二年进士，官至福建布政使。