藏书成就
吕留良藏书颇富，清初，祁氏“澹生堂”藏书散出，争购者颇多。当时黄宗羲在石门讲学，他与黄宗羲为争购祁氏图书而不和，他得书3000余册，精本亦多。全祖望《小山堂祁氏遗书记》记其故事甚详。家有藏书楼为“不远复堂”、“二妙亭”、“天盖楼”、“南阳耕钓草堂”、“风雨庵”、“讲习堂”等。藏书印有“南阳村庄吕晚村藏书”、“南阳讲习堂抄书”、“吕氏藏书”、“耻斋”、“不远复堂”、“难得几世好书人”、“御儿吕氏讲习堂经籍图书”等章。家被抄斩后，藏书和著述亦多被焚毁，四库开馆时，查禁焚毁所有著作。今存《吕用晦文集》、《东庄吟稿》。与吴之振合辑有《宋诗抄》等数种。长子吕葆中，字无党，继承其藏书，家有藏书楼“观稼楼”、“玉乳山房”、“吾研斋”、“只拙斋”等，并有多枚藏书印，如“东莱吕氏明农草堂藏书印”、“南阳讲习堂”等。
著述名录
吕留良为学尊朱辟王，推明儒学本旨，精治《四书》，详辨夷夏之别，其著述由门人辑为《四书语录》、《四书讲义》、《吕子评语》等。后人曾编有《吕晚村先生文集》八卷、《东庄诗存》七卷、《续集》四卷；《惭书》一卷；与吴之振，吴自牧合选《宋诗钞初集》，与张履祥合选《四书朱子语类摘抄》三十八卷；又有《精选八家古文》及后人汇刻其时文评语数种；刻印其遗文墨迹若干卷。此外，雍正《大义觉迷录》中引用其日记多条。留良自幼推崇朱熹，为文似朱熹，翻澜不已，善于说理；诗学杨万里、陈师道，深情苦语，令人感怆。近人邓之诚说：“以诗文论，诚宗羲劲敌，唯史学不如。”
自幼失怙
吕留良生于崇祯二年正月二十一日（1629年2月13日），出身封建仕宦家庭，祖上在明朝世代为官。其父吕元学曾任繁昌知县，主要功绩是将繁昌县的三台山修筑完成，后因病辞官，回归故里，为人乐善好施。吕元学正妻郭氏，为元学育子3人：大良、茂良、愿良。天启元年（1621）之后，吕元学娶侧室杨氏，生第四子瞿良。
崇祯元年（1628）九月，吕元学病逝。4个月之后，即崇祯二年（1629）正月二十一日，侧室杨氏在崇德县登仙坊祖居生下遗腹子吕留良。由于其父早逝，杨氏体弱多病，留良由三兄愿良夫妇扶养。三岁，嫂亡，过继堂伯父鸿胪寺丞元启为子。
吕留良幼时即“颖悟绝人，读书三遍辄不忘”，八岁能文，十岁时，三兄愿良建澄社于崇德，东南士子千余人，往来聚会，征选诗文，评议朝政，留良深受影响。崇祯十四年（1641），孙子度建征书社于崇福禅院。时留良十三岁，以诗文入社，大得子度赞赏，并被视为畏友。吕留良博学多艺，有二十四绝技，“凡天文、谶纬、乐律、兵法、星卜、算术、灵兰、青乌、丹经、梵志之书，无不洞晓。工书法，逼颜尚书、米海岳，晚更结密变化。少时能弯五石弧，射辄命中。余至握槊投壶、弹琴拨阮、摹印斫砚，技艺之事皆精绝。然别有神会，人卒不见其功苦习学也。”
抗清失利
顺治元年（1644年）明亡后，三兄吕愿良随史可法镇守扬州，吕留良与侄儿吕宣忠（长留良四岁）于顺治二年（1645年）散家财召募义勇，与入浙清军抗衡。宣忠曾署总兵都督佥事。当时，在其友人董时雨的操持之下，四处连络，苦心经营。监国鲁王加封宣忠为扶义将军，给与敕印，令其还至太湖，率部抗清。后大战清兵于澜溪（太湖下游，乌镇附近），兵败。宣忠遣散所部，入山为僧，后因探父病回家被捕遇害。就义之日留良曾为其送行。国仇家恨，使留良痛心疾首，乃至“幼素有咯血疾，方亮工（吕宣忠）之亡，一呕数升，几绝。”后来他把这一时期的诗作结集称为《万感集》。由于在抗清战斗左股中箭，留下终身创伤。《厉耦耕诗》记载有“箭瘢入骨阴辄痛，舌血溅衣洗更新”的诗句。其弟子严鸿逵注谓：“子自言左股曾中箭，遇天雨辄痛。”吕留良兵败后隐居行医，他虽于清顺治十年（1653）改名光轮，应试得诸生，但一直与坚持抗清的张煌言等保持联系。后来雍正因此在《大义觉迷录》中指责他“于顺治年间应试，得为诸生，嗣经岁科屡试，以其浮薄之才，每居高等，盗窃虚名，夸荣乡里……按其岁月，吕留良身为本朝诸生十余年之久矣，乃始幡然易虑，忽号为明之遗民。千古悖逆反复之人……”对于这段应考经历，吕留良在其后的诗文中多次表示了深深的反悔与自责，他一直以“失脚”来比喻这次出试：“谁教失脚下渔矶，心迹年年处处违。雅集图中衣帽改，党人碑里姓名非。苟全始信谈何易，饿死今知事最微。醒便行吟埋亦可，无惭尺布裹头归。”
顺治八年（1651）冬，其兄吕愿良在贫病饥寒中死去。由于儿子宣忠已死，吕留良为其操办后事。顺治十一年（1655），陆文霦约请吕留良一起评选八股文时，吕留良欣然应允。于是，他们两人在吴门集市租了一间房子，从事评点工作。因为他们评选的是从清朝入主中原后顺治三年（1646）开始八股取士到顺治十一年（1654）共五科的文章，故名《五科程墨》。留良借评选时文以宣扬“华夷之分大于君臣之伦”，其民族气节对士人学子影响极大。
倾接儒士
顺治十六年以后，吕留良结识浙东余姚著名学者黄宗羲、黄宗炎兄弟和宁波隐士高斗魁。吕留良嗜砚成癖，曾自言：“予幼嗜砚石，所蓄不下二三十枚。”吕留良的长子葆中称父亲吕留良“摹印斫砚，技艺之事皆精绝”。黄宗羲从其所好，赠予吕留良一方八角砚。吕葆中即于此时从黄宗羲问学。两年后，二兄茂良以留良外务过多，荒废学业，强留于崇德西门内祖居友芳园之梅花阁，教子侄辈读书。康熙二年（1663），黄宗羲应聘至梅花阁执教。留良与宗羲、宗炎、吴之振、吴自牧、高旦中等，相聚于园内水生草堂，诗文唱和。又与之振、自牧共选编《宋诗钞》九十四卷。留良为所选八十余位宋代诗人撰写小传。
康熙五年（1665），浙江学使至嘉兴考核生员，留良拒不应试，被革除诸生。此举震惊社会，而留良怡然自得。从此归隐崇德城郊南阳村东庄（在今桐乡县留良乡），自开天盖楼刻局，继续选刻时文出售，并提囊行医，以自隐晦。其时诗朋文友大半散去，独与张履祥、何商隐、张佩葱，专攻程朱理学，创立南阳讲学堂，设馆授徒。身益隐而名益高。八年（1668）迎理学大儒张履祥至东庄讲学，“共力发明洛闽之学”。另一方面他又编辑刻印程朱遗书，“以嘉惠学者”。此时他继续从事时文评选工作。他开“天盖楼”刻局，自选自刻，自己经营发行，一时之间“天盖楼”选本风行全国。吕留良通过评选八股文，宣传他严“夷夏之防”和恢复“井田”、“封建”制的政治主张。这也就是《行略》中所说的“其议论无所发泄，一寄之于时文评语，大声疾呼，不顾世所讳忌。”此时吕留良曾频频出游，写了相当数量的记游诗。他约友人同游南北湖，即景赋诗，许多诗篇都富有强烈的反清意识。这三十多首纪游诗，成集时题为《真腊凝寒集》。另外吕留良还结交了黄虞稷、周在浚等一批新友，写了许多唱和诗，全都收在《零星稿》中。吕留良与黄宗羲由于立身旨趣的歧异，后则绝交。
拒仕为僧
吕留良晚年，正值清政府对文人进行软硬并施、加强专制统治的时期。康熙十七年（1678）清廷开博学鸿词科，企图笼络当时的一批名士。浙江当事首荐吕留良，留良固辞乃始得免，而与他同时代的汉人汤斌则欣然应试，由于缺乏竞争，后得中高官。康熙十九年（1680），清廷为了进一步拉拢和软化明遗民，征聘天下山林隐逸，嘉兴郡守复荐留良。吕留良在被逼无奈之下，只好削发为僧，取法名耐可，字不昧，号何求老人，去吴兴埭溪之妙山，筑风雨庵，隐居讲学，门人弟子亦甚众。康熙二十一年秋，吕留良与门人子侄三游南北湖，按出游日程写了一组纪游诗，编成诗集名为《东将诗》。这时大清江山日益稳固，吕留良时刻惦记的抗清复明基本上已成泡影，这愈发增加了他的愤世嫉俗之感。
留良早衰，年四十余须发灰白齿落过半，且幼有咯血疾，遇有怫郁即发。康熙二十二年（1683），留良重游杭州，所写诗篇收入《欬气集》中。是年八月，因病与世长辞，终年五十五岁。临终前数日，仍勉力补辑《朱子近思录》及《知言集》，作《祈死诗》六篇，子侄弟子劝其休息，答道：“一息尚存，不敢不勉。”临终时勉励门人“细心努力为学”，告诫后人一定要恪守“孝友大义”。忽然又说：“我此时鼻息间气，有出无入矣。”门人呼“先生”，留良答曰：“人皆如此！”声音半涩而字义楚楚。随令众人退出，作揖“拱别者三四”。于是从容正容，展伸其足，叉手安寝而逝。留良逝后，“远近之士闻者莫不震悼失图，以为斯道之不幸”。八月十七日，何商隐来吊，泣道：“二十载交情毕矣。伤心！伤心！”陈执斋、陆稼书为文祭奠，黄宗炎作诗哭之，查慎行亦有《挽吕晚村徵君》诗。十一月二十九日，留良葬于识村祖茔（在今晚村乡识村东长板桥之西）。
夫人姓范，有子七人：公忠（葆中）、主忠、宝忠、诲忠、补忠、纳忠、止忠（毅中）。
祸及后人
吕留良去世后，其弟子及曾静等人崇奉留良其说、为其广播，后曾静策动川陕总督岳钟琪反叛，被告发下狱，牵连吕的两个学生。吕亦被剖棺戮尸，著作则被焚毁。雍正在《大义觉迷录》骂吕留良：“夫普天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣。吕留良于我朝食德服畴，以有其身家，育其子孙者数十年，乃不知大一统之义！”传说其孙女（一说女儿）吕四娘将雍正帝刺杀。
辛亥革命后，冤案昭雪。浙督汤寿潜改西湖彭公祠崇祀三贤，列留良为三贤之一。知县及地方绅耆，为建新墓，筑纪念亭于孔庙后，蔡元培为之书额及联，立碑以垂不朽。今县境有留良、晚村两乡，用其名号命名，并于崇福镇筑吕园以为纪念。而近代革命家邹容在扼腕叹息之余更称当时宠荣一时的汤斌为“驯静奴隶”。