民国时期
民国七年（1918年）3月18日，南怀瑾出生于浙江省温州市乐清县柳市翁垟镇地团村南宅组（今属柳市镇长岐社区殿后村）。
民国二十年（1931年），13岁的南怀瑾小学毕业考试倒数第一，只得到肄业证书。父亲要求去学木雕或去商店做学徒，南怀瑾不肯，只好在家自修，自修的三年里，父亲还给南怀瑾请过博古通今的老师叶公恕。
民国二十四年（1935年），17岁的南怀瑾和姨表姐王翠凤结婚，并有了长子南舜铨。同年又离开温州，前往浙江国术馆习武，并于浙江国立艺术院学习国术训练员专修班第二期毕业、中央军校政治研究班第十期毕业、金陵大学研究院社会福利系肄业，并获得了武术教官的资格。
民国二十五年（1936年），南怀瑾回家度暑假，妻子后来生下次子南小舜。
民国二十六年（1937年），时值抗日战争爆发后，20岁的南怀瑾只身入川，考入中央军校政治研究班第十期，毕业后返蜀执教进入中央军校军官教育队。
民国二十八年（1939年），南怀瑾自任大小凉山垦殖公司总经理兼地方自卫团总指挥，屯垦戍边。后又被调回任军校政治教官。其间，曾在华西坝金陵大学研究社会福利学，以期服务社会大众，潜心于佛典。
民国三十一年（1942年），南怀瑾辞去中央军校教官之职，弃隐灌县（今都江堰市）灵岩寺，结识青城派剑术高手王青风，其后，南怀瑾为求深研佛法，便悄然离开成都。
民国三十二年（1943年）春，南怀瑾结识了袁焕仙，晤谈之下，遂为忘年之交。禅门虚云老和尚莅临重庆，主持护国息灾法会，袁焕仙闭关期满，袁焕仙携南怀瑾赴渝礼请虚云老和尚回到成都灵岩寺成立了维摩精舍弘法，南怀瑾追随左右，遂拜门墙，成为维摩精舍开山首座弟子，潜心修道参禅，多有会心之处。於一九四三年初春，在袁焕老的家中度春节後，前往峨嵋山拟闭关三年。到了一九四五年秋，突接密报，谓有人意欲加害，故匆忙离山返回成都，继续在五通桥闭关以满三年之愿。
民国三十四年（1945年），南怀瑾前往四川、西康、西藏参访各派宗教，其间为了修学，在峨眉山中锋大坪寺闭关修行三年。此后的一段时间，南怀瑾以修行的姿态到处寻师，中途不断吸取各家知识，逐渐形成对儒、释、道的见解。
1945年，离藏后赴昆明，讲学于云南大学，后又讲学于四川大学。
民国三十六年（1947年）返回故乡乐清，不久，归隐于杭州三天竺之间。后又在江西庐山天池寺附近清修。
前往台湾
1949年春前往台湾，相继受聘于中国文化大学、辅仁大学和国立政治大学讲学。
1949年2月，南怀瑾初到台湾，就遇到一家小旅馆失火，有个来自吉林长春的姑娘杨向薇，成了南怀瑾收留的难民之一，后来二人成婚，婚后的南怀瑾迫于生计，同温州老乡一起做船运生意，便三条船凑成“义礼行”公司。国民党从舟山撤退时，占用了义礼行公司的船，南怀瑾血本无归，一夜之间负债累累。两女两子先后出生了，不得不栖身于基隆海滨一个陋巷里，挤在瓦可漏月、门不闭风的小屋里。
1955年，南怀瑾在窘困的处境下，出版了《禅海蠡测》一书，却一本都卖不出去。不久，便举家迁到台北龙泉街，住在贩夫走卒喧嚣终日的菜市场附近，在这里，南怀瑾常年右手执笔写书，左手抱着幼子，双脚还要不停地推着摇篮，以防尚在襁褓中的婴儿哭闹。困顿中的南怀瑾煮字疗饥，凭着惊人的记忆力完成了《楞严大义今释》、《楞伽大义今释》两本力作，但在书店堆放在角落里，少人购买。
20世纪60年代起，台湾官方推动中华文化复兴运动，此举在民间激起强烈的文化乡愁。1960年，胡适读了《楞严大义今释》之后表示赞许，南怀瑾逐渐让人知晓，弟子渐多，并被蒋介石和蒋经国父子俩邀请在台湾三军驻地巡回演讲。
1963年，台北中国文化大学创办人张其昀，聘请南怀瑾担任教授并兼礼学院院长，南怀瑾接受了教授聘书，附加条件是不到学校上课，由研究生到其家受教。随后，南怀瑾在台北辅仁大学开设《易经》课程，结果学生增多不少，绝大多数是日后台湾政坛要人、文化、财经界人士。
1969年，南怀瑾创立“东西精华协会”，后创立“老古文化事业公司”、十方禅林”和“十方丛林书院”。
1971年，南怀瑾创办《人文世界》杂志。
1976年，南怀瑾出版的演讲辑录《论语别裁》，趁势而热，多次重版，流行于华人文化圈。
1984年，南怀瑾为避祸于1985年移居美国，并在弗吉尼亚成立“东西学院”。1983年王昇遭蒋经国解职，解散刘少康办公室。王昇曾跟随南怀瑾学习佛教，因此据传蒋经国怀疑南怀瑾可能在台湾将成为新政学系的新领袖。
回归大陆
1988年，南怀瑾返抵香港定居，期间，时任中共温州市委书记的董朝才前去造访，希望南怀瑾倡导、推动孙中山《建国方略》中提及的金温铁路，南怀瑾慨然应允，成为金温铁路的催生者，开始筹资兴建这条中国第一条合资的铁路。
1990年，泰顺、文成水灾，南怀瑾捐资救患，并在温州成立“南氏医药科技基金会”、“农业科技基金会”，且为厦门南普陀寺修建禅堂。
1992年6月16日，南怀瑾为大陆和台湾两岸密使亲笔起草《和平共济协商统一建议书》，为两岸和谈奠定了基础。11月18日，浙江金温铁道开发有限公司正式挂牌成立，南怀瑾担任公司董事长兼总经理。12月18日，金温铁路正式开工。
1994年2月11日，南普陀寺禅堂落成之时，南怀瑾应妙湛长老之邀来厦门南普陀寺主持“南禅七日-生命科学与禅修实践研究”禅学讲座。此次活动是南怀瑾以现代科学精神结合传统佛教禅七形式所进行的一次修持实践，在7天的禅修中，由南怀瑾亲自讲解禅修要义，并指导全体学员进行禅修实践，还将毕生修学经验与心得倾囊相授，其“南禅七日”的视频至今在网络上广为流传。
1998年6月11日，金温铁路开始通车。在通车前夕，南怀瑾基于“功成身退，还路于民”的想法，将股权转让给浙江省和铁道部，金温铁路现属上海铁路局管辖。
2006年后，南怀瑾移居长住江苏省苏州市吴江庙港并在苏州吴江区创建“太湖大学堂”，旨在传播中国传统文化，同时与现代自然科学、人文科学相结合，发展认知科学与生命科学研究，后建立光华奖学基金会，资助多间中国大学，如北京大学等。
2012年9月19日，多家新闻媒体向公众传出南怀瑾患有肺炎的病危消息。于29日下午4时，南怀瑾在江苏省苏州市吴江区七都镇庙港太湖大学堂去世，享年95岁。